Ley Judicial de 1801
Pasada y controversia
En los meses posteriores a que los federalistas perdieran las elecciones de 1800, pero antes de que Jefferson se hiciera con la Casa Blanca, el Congreso, controlado por los federalistas, aprobó la Ley Judicial de 1801 y la Ley Orgánica del Distrito de Columbia. Junto con otras disposiciones, las leyes redujeron el tamaño del Tribunal Supremo de Estados Unidos de seis a cinco jueces y eliminaron las funciones de los tribunales de circuito creando 16 nuevas plazas de juez para seis circuitos judiciales. En general, las leyes crearon una serie de nuevos cargos relacionados con los tribunales, que el presidente saliente, John Adams, procedió a cubrir en su mayoría con miembros de su propio partido.
En ese momento, el recién creado Distrito de Columbia estaba formado por dos condados, Washington (la actual zona de Washington, D.C.) y Alexandria (lo que hoy es Alexandria, Virginia). El 2 de marzo de 1801, Adams nombró 23 jueces de paz en el condado de Washington y 19 en el de Alexandria. Después de que el Senado confirmara estos nombramientos el 3 de marzo, Adams firmó los encargos oficiales, que no terminó hasta bien entrada la noche de su último día en el cargo (de ahí que el grupo pasara a ser conocido como los jueces de medianoche). El secretario de Estado John Marshall, que acababa de ser nombrado presidente del Tribunal Supremo, estampó el gran sello de los Estados Unidos en las comisiones, y esa misma noche su hermano, James Marshall, entregó algunas de ellas a los nuevos jueces en Alejandría, que finalmente cumplieron su mandato. Pero ninguno de los 23 jueces del condado de Washington recibió sus comisiones antes de que Adams dejara el cargo al mediodía del 4 de marzo.
Cuando Jefferson asumió el cargo, descubrió las comisiones firmadas y selladas, pero aún no entregadas. Volvió a nombrar a los seis republicanos que habían estado en la lista de Adams, así como a seis de los federalistas, pero se negó a nombrar a los 11 hombres restantes. La mayoría de los federalistas que no recibieron sus comisiones aceptaron su destino de forma pasiva, pero no William Marbury, un líder federalista de Maryland. Marbury acudió a los tribunales para obligar al gobierno de Jefferson a entregar la comisión, sin la cual no podría ejercer su cargo. El caso resultante dio lugar a una de las decisiones más importantes del Tribunal Supremo, Marbury contra Madison (1803). Escribiendo para la mayoría, Marshall sostuvo que el tribunal no podía emitir un mandato judicial que obligara a Madison a entregar la comisión de Marbury, como éste había solicitado, porque la ley que autorizaba al tribunal a emitir dichos mandatos (la Ley Judicial de 1789) era de hecho inconstitucional y, por tanto, inválida. Aunque técnicamente fue una victoria para el presidente, el fallo afirmó un importante poder del poder judicial al establecer la doctrina de la revisión judicial.