Cracovia fue el hogar de la tribu Wiślanie (vistulanos), que ocupó Małopolska (Pequeña Polonia) hasta el siglo X. Del 988 al 990, Mieszko I, príncipe de Polonia, unió los territorios del sur y del norte para formar un poderoso reino, y su hijo, Bolesław I (el Valiente), convirtió posteriormente a Cracovia en la sede de un obispado polaco. La ciudad se expandió rápidamente como centro comercial, convirtiéndose en la capital de uno de los principales principados de Polonia en 1138. Fue devastada por las invasiones tártaras durante el siglo XIII, pero fue rápidamente reconstruida, recibiendo los «derechos de Magdeburgo», que consistían en una constitución municipal, en 1257.
Cuando el rey Władysław I (el Breve) reunificó Polonia, hizo de Cracovia su capital en 1320, tras lo cual los reyes de Polonia eran tradicionalmente coronados en el castillo de Wawel y enterrados en la catedral de Wawel. A lo largo del siglo XIV, Cracovia fue el centro económico y político de Polonia y un importante punto de comercio entre Inglaterra y Hungría. Al mismo tiempo, se convirtió en el centro intelectual y cultural de la nación, como demuestra una de sus principales estructuras medievales, la Universidad Jagellónica. Fundada como Academia de Cracovia por Casimiro III (el Grande) en 1364, la universidad ganó prestigio a lo largo de los siglos, atrayendo a científicos, artistas y eruditos de todo el continente; es la segunda universidad más antigua de Europa central.