Nigeria como colonia
Después de que el gobierno británico asumiera el control directo de los territorios de la Real Compañía del Níger, las zonas del norte pasaron a llamarse Protectorado del Norte de Nigeria, y las tierras del delta del Níger y del curso inferior del río se añadieron al Protectorado de la Costa del Níger, que pasó a llamarse Protectorado del Sur de Nigeria. Lagos siguió siendo la capital del sur, y Zungeru la nueva capital del norte. El 1 de enero de 1914, siguiendo las recomendaciones de Sir Frederick Lugard, los dos protectorados se fusionaron para formar la Colonia y el Protectorado de Nigeria bajo un único gobernador general residente en Lagos. Entre 1919 y 1954 el título volvió a ser el de gobernador.
Siguiendo el éxito de Lugard en el norte, estableció los principios del sistema administrativo posteriormente institucionalizado como «gobierno indirecto». Esencialmente, el gobierno local debía quedar en manos de los jefes tradicionales, sujetos a la orientación de los funcionarios europeos. Se utilizaron las instituciones nativas y se redujo al mínimo la interferencia con las costumbres locales, aunque los británicos no siempre entendían las costumbres locales. Aunque este sistema tenía contradicciones incorporadas, con el paso de los años el sistema nigeriano se convirtió en una sofisticada forma de gobierno local, especialmente en los emiratos y bajo la bandera de la «administración nativa», que se convirtió en el sello distintivo del dominio colonial británico en África.
Muchos cambios acompañaron al dominio británico: La educación occidental, la lengua inglesa y el cristianismo se extendieron durante el periodo; se desarrollaron nuevas formas de dinero, transporte y comunicación; y la economía nigeriana se basó en la exportación de cultivos comerciales. Las zonas con cultivos lucrativos como el cacao y el cacahuete (maní) se beneficiaron, mientras que muchas personas de diferentes partes del país tuvieron que emigrar para trabajar en otros lugares como agricultores arrendatarios o utilizar su educación y habilidades recién adquiridas para trabajar en las ciudades como asalariados, comerciantes y artesanos. Surgieron dos niveles de gobierno, el central y el local. El gobierno central, presidido por el gobernador general y responsable ante el secretario de las colonias en Londres, era más poderoso pero estaba alejado del pueblo. La administración local, donde los ciudadanos coloniales experimentaban típicamente la autoridad colonial, se basaba en la política de gobierno indirecto desarrollada por primera vez en el norte.
Para evitar cualquier oposición unida a su autoridad, los británicos adoptaron una política de «divide y vencerás», manteniendo a los grupos nigerianos separados unos de otros en la medida de lo posible. Las autoridades tradicionales fueron cooptadas en el norte, donde la difusión de la educación occidental por parte de los misioneros cristianos fue fuertemente resistida por los líderes musulmanes. En el sur, los británicos crearon ocasionalmente una jerarquía política donde antes no la había; en la mayoría de los casos gobernaron a través de los más maleables, independientemente de que estas personas hubieran ocupado o no puestos de autoridad tradicionales. Debido a que la educación occidental y el cristianismo se extendieron rápidamente en el sur y no en el norte, el desarrollo fue mucho más lento en el norte, y la creciente disparidad entre el norte y el sur causó más tarde tensiones políticas.
El estallido de la Primera Guerra Mundial trajo consigo una mayor dislocación. Posteriormente, las tropas nigerianas fueron enviadas a África Oriental. (Durante la Segunda Guerra Mundial volvieron a servir en África Oriental, así como en Birmania.) En 1922, Kamerun se dividió bajo un mandato de la Sociedad de Naciones entre Francia y Gran Bretaña, administrando Gran Bretaña su zona dentro del gobierno de Nigeria; después de 1946, las zonas bajo mandato fueron rediseñadas como territorio en fideicomiso de las Naciones Unidas (ONU).
Aunque el dominio colonial parecía seguro en las dos primeras décadas del siglo XX, los británicos lucharon por mantener el control de su colonia nigeriana y continuaron haciéndolo hasta que Nigeria se independizó en 1960. Los británicos, cuando se enfrentaban a la disidencia, tendían a conceder reformas políticas en un esfuerzo por disipar el atractivo de las sugerencias más radicales. Al principio de la época colonial, por ejemplo, los nigerianos protestaron por la forma en que se cobraban las tasas del agua y los impuestos por cabeza. Los nigerianos también pidieron más representación política. El Consejo Legislativo nigeriano se creó en 1914 y se le otorgó una jurisdicción limitada; fue sustituido en 1922 por uno más amplio que incluía miembros elegidos de Lagos y Calabar, aunque sus poderes también eran limitados y las provincias del norte seguían estando fuera de su control. Un sistema más representativo no apareció hasta 1946, cuando cada grupo geográfico de provincias tuvo su propia Asamblea, con una mayoría de miembros no oficiales (aunque todavía no todos elegidos); también había una Cámara de Jefes y, en Lagos, un Consejo Legislativo central. En 1919, el Consejo Nacional del África Occidental Británica, una organización formada por las élites de toda África Occidental, exigía que la mitad de los miembros del Consejo Legislativo fueran africanos; también querían una universidad en África Occidental y más puestos de responsabilidad para los africanos en la administración pública colonial.
A partir de la década de 1920, varios nigerianos se unieron a otros negros en diversas partes del mundo para embarcarse en el proyecto más amplio del panafricanismo, que pretendía liberar a los negros del racismo y la dominación europea. En 1923, Herbert Macaulay, nieto de Samuel Ajayi Crowther, creó el primer partido político nigeriano, el Nigerian National Democratic Party, que se presentó con éxito a tres escaños de Lagos en el Consejo Legislativo. Macaulay fue despreciado por los británicos, pero llegó a ser considerado el «padre del nacionalismo nigeriano moderno»
Después de la década de 1930, las actividades políticas se centraron principalmente en las formas de acabar con el dominio británico. En 1934 surgió un partido nacional, el Movimiento de la Juventud Nigeriana, y sus miembros ganaron las elecciones al Consejo Legislativo. Después de 1940, las actividades políticas se ampliaron para incluir a más personas. En 1944, Macaulay y Nnamdi Azikiwe, un igbo que se había educado en Estados Unidos, unieron a más de 40 grupos diferentes para crear el Consejo Nacional de Nigeria y los Cameruneses (NCNC). Las fuerzas desatadas contra los británicos eran ahora diversas, incluyendo a los soldados que habían servido en la Segunda Guerra Mundial, los medios de comunicación, la juventud inquieta, las mujeres del mercado, la gente educada y los agricultores, todos los cuales se comprometieron con el movimiento anticolonial. Los líderes políticos recurrieron al uso de los partidos políticos y los medios de comunicación para movilizar a millones de nigerianos contra la continuación del dominio británico.