Actieve site

Deze subsectie van de sectie Functie wordt gebruikt voor enzymen en geeft de residuen aan die rechtstreeks bij de katalyse zijn betrokken.

Voorbeeld: Q9F6D4

Wanneer de precieze rol van een actief siteresidu bekend is, wordt dit aangegeven met behulp van een semi-gecontroleerd vocabulaire in het veld ‘Beschrijving’. De mogelijke rollen zijn:

• Charge relay system
• Electrophile
• Nucleophile
• Proton donor
• Proton acceptor

Voorbeeld: Q9ZTP5

In het geval van virale polyproteïnen of multifunctionele enzymen wordt de naam van de specifieke enzymactiviteit waarbij het ‘actieve site’-residu betrokken is, aangegeven in het veld ‘Beschrijving’.
Voorbeeld: P12276

Nucleofielen geven aanleiding tot kortlevende covalente tussenproducten. Waar mogelijk geven we de exacte chemische aard van het tussenproduct aan, met behulp van een semi-gecontroleerde woordenschat.
Bijvoorbeeld: P27796

Elke ‘Active site’ subsectie verwijst naar een enkel aminozuur. Er kunnen een of meer “Active site” subsecties zijn, afhankelijk van de aard van het katalytische mechanisme.

Wanneer de katalytische activiteit tot stand wordt gebracht door gebonden metaalionen of watermoleculen, of door direct contact tussen substraat en cofactor, voegen we geen “Active site” subsectie toe.